ある朝、病院のベッドで目覚めたジョン（スコット・アドキンス）は、瀕死の重傷で９カ月間昏睡していたのだと聞かされる。記憶が混濁しているジョンだが、痛ましい惨劇の光景だけは脳裏に焼きついて離れない。家族が武装集団に襲われ、目の前で妻と娘が殺されたのだ。犯人グループのリーダーの顔もはっきりと覚えていた。FBI捜査官に見せられた写真から、それが元兵士のリュック・デュブロー（ジャン＝クロード・ヴァン・ダム）という男だと知り、ジョンは復讐を誓った。
退院したジョンに、アイザックと名乗る男から電話が入る。彼は何かに怯え、助けを求めていた。ジョンはアイザックのアパートへ急行するが、すでにアイザックは何者かに殺されていた。ICレコーダーに残されていた「ユニバーサル・ソルジャー計画」「培養期間が9カ月を切った」といった謎の言葉の数々……。
ジョンはアイザックの部屋にあったマッチを手がかりに「バイオレッツ」というストリップバーへと向かう。ダンサーのサラ（マライヤ・ボナー）から話を聞こうとするが、突如現れた凶暴な男マグナス（アンドレイ・アルロフスキー）が彼らを襲った。マグナスとの死闘の末、ジョンはサラを連れて逃げる。
サラはジョンの過去を知っていた。事件の核心へ少しずつ近づいてきたジョンは、森の中の一軒屋へたどり着く。そこで彼を待っていたのは、意外な人物だった……。
ジョンはリュック・デュブローの正体を知る。彼は政府が開発した特殊兵士ユニバーサル・ソルジャーだった。軍のコントロールから脱したリュックは、培養によって生まれた新世代ソルジャーたちを次々と解放し、彼らのリーダーとなっていた。かつてのリュックの宿敵スコット（ドルフ・ラングレン）も今では協力者となり、ユニソルたちの反乱が始まろうとしていたのだ。
はたして、ジョン自身は何者なのか？ ジョンの記憶の真相とは？ すべてが明らかになった時、新旧ユニソルの壮絶な闘いが始まる……。
ベトナムでの戦死後、軍の特殊兵士として蘇生され戦闘マシーンになった兵士たちがはじまり。ユニソルのテクノロジーは過去の戦死者たちを再生する技術から、クローン、そして遺伝子を組みかえる技術へと進化している。その一方、人間としての自覚が生まれ精神的に目覚めたリュック、スコットたちの姿があった･･････。
